Nhiễm sắc thể của Pseudomonas aeruginosa được cấu tạo phần lớn bởi nucleotid loại G+C, bao gồm một lõi chính được bảo tồn và các phần phụ khác nhau. Bộ gen lõi của các dòng P. aeruginosa phần lớn là giống nhau, biểu hiện sự đa dạng thấp, và chỉ chứa vài locus quy định những tính trạnh nổi bật, như locus pyoverdine, flagella, pilA, và locus sinh tổng hợp kháng thể O. Những đoạn gen quy định các tính trạng nằm rải rác khắp bộ di truyền và khoảng một phần ba trong số chúng nằm kề sát các gen tRNA hay tmRNA. Ba điểm chính được biết tới nhờ tính đa dạng di truyền của vi khuẩn gây ra bởi sự tương tác lẫn nhau giữa các họ đảo gen pKLC102 / PAGI-2 vào các gen tRNALys hay tRNAGly. Các đảo gen riêng lẻ khác nhau về thứ tự các gen trao đổi chất, nhưng giống nhau về các gen tương kề truyền lại trực tiếp cho các chủng và các loài. Các bệnh không điển hình thường là do đột biến khuyết chức năng mất, tái cấu trúc, và lặp các đoạn gen trong bộ nhiệm sắc thể P. aeruginosa. Số lượng của loài P. aeruginosa chủ yếu được đặc trưng bởi một vài chủng gây bệnh phân bố rộng trong môi trường sống. Bộ gen được cấu thành bởi các phân đoạn gen của dòng vô tính điển hình trong lõi với dòng gen không bị giới hạn trong dân số.[13]